Aljaraque liegt in der Nähe des Natur Park Marismas del Odiel und wird von einem großen Kiefernwald. Es wird als " Tierra Llana" (Ebenzone des Südens) bezeichnet, der Provinz von Huelva. Die Geschichte dieses Dorfes geht zurück bis in die Zeit der arabischen Herrschaft, obwohl reichlich iberisch archäologisches Material in der Umgebung erschienen ist. Ein vom Monarch Alfonso X, abstammend aus dem Hause von Medina Sidona, stammendes Dokument aus dem Jahre 1268 belegt die Begrenzung des Dorfes.

Am Ende des XV Jahrhunderts wurde Aljaraque auf Anordnung von Señor de Niebla, San Bartolomé de la Torre, Villanueva de los Castillejos, Huelva, Ayamonte und einem unbekannten Portugiesen wieder bevölkert. Das spätere verlassen der Stadt dürfte in der Armut der Bewohner zu finden sein. Sie bearbeiteten ihre Felder nur für den Eigenbedarf. Der Stadtherr hatte daraus keine Steuer erhalten und sah so keinen Nutzen.